Αντικείμενο του Δ.Π.Μ.Σ. είναι η ενίσχυση της επιστημονικής και τεχνολογικής εκπαίδευσης και έρευνας μέσωτης παροχής υψηλού επιπέδου μεταπτυχιακών σπουδώνστα Μαθηματικά και τις τεχνολογικές τους εφαρμογές σε περιβάλλοντα μηχανικών. Κύριος σκοπός του Δ.Π.Μ.Σ. είναι η συμβολή του στην υλοποίηση των γενικότερων στόχων του Πολυτεχνείου Κρήτης, συγκροτώντας ένα κέντρο ποιότητας και υποστηρίζοντας την εκπαίδευση του επιστημονικού δυναμικού. Ιδιαίτερα σκοπός του Δ.Π.Μ.Σ. είναι η εμβάθυνση και η εκπαίδευση μηχανικών και επιστημόνων θετικής κατεύθυνσης, σε θέματα των Εφαρμοσμένων Μαθηματικών στις επιστήμες μηχανικών, με τρόπο που τους καθιστά ικανούς να συμμετέχουν τάχιστα και ενεργά σε ερευνητικές και τεχνολογικές δραστηριότητες εν γένει.
Ειδικά στόχο του Δ.Π.Μ.Σ. αποτελεί η εκπαίδευση μέσω της έρευνας και της προώθησης της επιστήμης σε συνεργασία με τις Σχολές-Τμήματα του Πολυτεχνείου Κρήτης.